As Licenças de Emissão são atribuídas anualmente às instalações industriais abrangidas pelo Anexo I do Diploma CELE. A definição da quantidade total de licenças de emissão a atribuir em cada período de aplicação do Regime CELE é fixada no respectivo Plano Nacional de Atribuição de Licenças de Emissão (PNALE).
A elaboração do PNALE é efectuada de acordo com o artigo 9.º da Directiva 2003/87/CE, de 13 de Outubro respeitando os critérios enumerados no anexo III da directiva, com as alterações introduzidas pela Directiva 2004/101/CE.
Em Portugal, a Resolução do Conselho de Ministros n.º 53/2005, de 3 de Março, aprova o PNALE I para o período 2005-2007 e a Resolução do Conselho de Ministros n.º 1/2008, de 4 de Janeiro, aprova o PNALE II para o período 2008-2012, que coincide com o período de cumprimento do Protocolo de Quioto.