O Programa Operacional do Ambiente, integrado no Quadro Comunitário de Apoio 2000-2006, foi aprovado em 1 de Agosto de 2000, através da Decisão da Comissão C(2000)2340, e alterado em 2004 pela Decisão C(2004) 5736, de 27 de Dezembro, no sentido de se introduzirem as alterações resultantes da avaliação intercalar realizada em 2003. Posteriormente, em 2006, foi objecto de uma segunda alteração, através da Decisão da Comissão C (2006) 7151, de 21 de Dezembro de 2006, na sequência da Decisão do Conselho de Ministros de 6 de Julho de 2006.