A Agência Portuguesa do Ambiente (APA) tem por missão propor, desenvolver e acompanhar a execução das políticas de ambiente, nomeadamente no âmbito da integração do ambiente nas políticas sectoriais, designadamente da saúde e transportes, e nos domínios do combate às alterações climáticas, protecção da camada do ozono, qualidade do ar, prevenção e controlo do ruído, resíduos, recuperação e valorização dos solos e outros locais contaminados, prevenção e controlo integrados da poluição, prevenção de riscos industriais graves, segurança ambiental e das populações, rotulagem ecológica, compras ecológicas e sistemas voluntários de gestão ambiental.

Para fundamentar a formulação, desenvolvimento e acompanhamento das políticas de ambiente, a APA é responsável pelo SNIAmb, Sistema Nacional de Informação de Ambiente, alicerçado num conjunto de parcerias estratégicas de âmbito nacional e internacional. Neste âmbito a APA assegura, mantém e divulga o centro de referência para os dados ambientais e promove a análise integrada dos resultados da monitorização da execução de políticas e medidas tomadas, produzindo relatórios, demonstrativos do estado e das pressões a que o ambiente está sujeito;

No domínio das alterações climáticas a APA é a Autoridade Competente para o CELE (Comércio Europeu de Licenças de Emissão) com responsabilidades de coordenação nacional do sistema e de administração do Registo Nacional de Licenças de Emissão. É também a Entidade Competente para o SNIERPA (Sistema Nacional de Inventário de Emissões Antropogénicas por Fontes e Remoção por Sumidouros de Poluentes Atmosféricos), através do qual é feita a monitorização do cumprimento das metas de Quioto.

A APA exerce também as funções de Autoridade Nacional de Avaliação de Impacte Ambiental; neste âmbito desenvolve e acompanha as metodologias de avaliação de impacte ambiental, coordena as actividades das CCDR enquanto Autoridades de Avaliação de Impacte Ambiental e realiza a avaliação de impacte ambiental dos grandes projectos. A APA é também a Autoridade Nacional de Avaliação Ambiental de Planos e Programas (avaliação ambiental estratégica).

A APA é a Autoridade Nacional para a Prevenção e Controlo Integrados da Poluição; neste âmbito administra o processo de licenciamento ambiental das grandes instalações, e acompanha e avalia a conformidade das condições do licenciamento. A APA é,ainda, a Autoridade Competente para o registo europeu de emissões e transferências de poluentes, PRTR (European Pollutant Realease and Transfer Register).

A APA é a Autoridade Nacional de Resíduos; neste âmbito propõe, desenvolve e acompanha a execução das estratégias de gestão de resíduos, e exerce as competências próprias de licenciamento das operações de gestão de resíduos e das entidades gestoras de fluxos específicos de resíduos, e de controlo operacional e administrativo das transferências de resíduos. A APA promove a organização e regulamentação do mercado organizado de resíduos (MOR).

A APA é também a autoridade competente para o regime da responsabilidade ambiental.

No domínio das emergências e riscos ambientais, compete à APA garantir a adopção das medidas de necessárias à protecção da saúde humana e do ambiente, elaborar e adoptar quadros de referência para a gestão de riscos, designadamente assegurando a consideração dos riscos tecnológicos nos instrumentos de planeamento territorial, e proceder à avaliação dos riscos associados às substâncias químicas e organismos geneticamente modificados, e propor medidas de gestão de riscos ambientais.

A APA assegura a operação da rede de alerta em contínuo da radioactividade no ambiente, a gestão da resposta a emergências radiológicas e nucleares, de que resulte ou possa resultar risco para o ambiente e para a população.

A APA é responsável pela promoção dos vários instrumentos voluntários de gestão ambiental, nomeadamente o Rótulo Ecológico Comunitário, a Agenda 21 Local e o Sistema Comunitário de Ecogestão e Auditoria, EMAS. No caso do EMAS a APA é o Organismo Competente Nacional responsável pelo registo das organizações aderentes e pela qualificação dos verificadores, entidades responsáveis pela verificação e validação das declarações ambientais.

No domínio dos instrumentos voluntários, a APA é, ainda, Organismo de Normalização Sectorial para a gestão ambiental e qualidade do ar.

A APA também desenvolve e acompanha a execução das políticas de educação ambiental, promove e acompanha formas de apoio às organizações não governamentais de ambiente, e promove a participação do público e o acesso à informação nos processos de decisão em matéria de ambiente.

Ao nível técnico e científico, a APA participa na definição e promoção das estratégias de protecção das áreas marinhas e coordena a participação nacional na Convenção para a Protecção do Meio Marinho do Atlântico Nordeste (OSPAR).

No âmbito das matérias ambientais específicas a APA exerce competências próprias de licenciamento, qualificação, produção de normas técnicas e uniformização de procedimentos.

O Laboratório de Referência do Ambiente, integrado na APA desenvolve, aplica e colabora na acreditação das metodologias analíticas no domínio do ambiente e nos métodos de referência para avaliação da qualidade do ar.