A Agência Portuguesa do Ambiente, I. P. resulta, conforme determinado pelo Decreto Lei n.º 7/2012, de 17 de janeiro, da integração da Agência Portuguesa do Ambiente na administração indireta do Estado e da sua fusão com o Instituto da Água, I. P., as Administrações de Bacia Hidrográfica, I. P., o Departamento de Prospectiva e Planeamento e Relações Internacionais, nas atribuições referidas no ponto e), do n.º 3, do Art.º 34.º, do Decreto Lei supramencionado, da Comissão de Acompanhamento da Gestão de Resíduos, da Comissão para as Alterações Climáticas e da Comissão de Planeamento de Emergência do Ambiente.

A Direção Geral da APA é constituída por um Diretor-Geral, Dr. Nuno Lacasta, e três Subdiretores-Gerais, Eng.º Manuel Lacerda, Dr. Paulo Lemos e Eng. ª Inês Diogo.