A Agência Portuguesa do Ambiente (APA) resulta da fusão do Instituto do Ambiente (IA) e do Instituto de Resíduos (INR), tendo sido criada pelo Decreto-Lei nº 207/2006, de 27 de Outubro, que aprovou a Lei Orgânica do Ministério do Ambiente, do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional.

Esta fusão visou explorar as sinergias entre ambas as instituições e criar condições de maior eficácia na prossecução das políticas de ambiente e desenvolvimento sustentável e a consequente melhoria da qualidade dos serviços prestados aos cidadãos.

O processo de reestruturação da APA foi completado pelo   Decreto Regulamentar nº 53/2007, de 27 de Abril e pela     Portaria n.º 573-C/2007, de 30 de Abril, que definiram respectivamente a missão, atribuições e tipo de organização e a estrutura nuclear dos seus serviços e as competências das suas unidades orgânicas.

A Direcção Geral da APA é constituída por um Director-Geral, Prof. António Gonçalves Henriques, e três Subdirectores-gerais, Eng.ª Fernanda Santiago, Dr.ª Isabel Malta e Eng.ª Luisa Pinheiro.