A utilização confinada de MGM encontra-se regulamentada pela Directiva 98/81/CE, de 26 de Outubro, que altera a Directiva 90/219/CEE, de 23 de Abril, que visa essencialmente adequar os procedimentos administrativos aos riscos associados a esta utilização nomeadamente a protecção da saúde humana e do ambiente.
Esta legislação estabelece em função do MGM, várias classificações de operações de utilização confinada, sendo atribuídas quatro classes a que correspondem diferentes níveis de confinamento.
Esta Directiva foi transposta para direito interno pelo Decreto-lei n.º 2/2001, de 4 de Janeiro, o qual designa a Agência Portuguesa do Ambiente como autoridade competente, cabendo-lhe autorizar a utilização de instalações para realização de operações de utilização confinada, ouvido o Instituto de Saúde Dr. Ricardo Jorge (INSA).